Di chúc ông dặn trao lại các tài vật cho Hội Thánh Cao Đài Tòa Thánh Tây Ninh do đạo Cao Đài đã từng ủng hộ ông. Vì vậy, năm 1954, một phần di cốt của ông được người Nhật trao cho giáo chủ đạo Cao Đài là Đức Hộ pháp Phạm Công Tắc đem về Tây Ninh. Năm 1957 phần thứ hai di cốt của ông cũng được hồi hương. Tổng thống Việt Nam Cộng hoà Ngô Đình Diệm đã cử hành trọng lễ đón nhận. Phần thứ ba di cốt được chôn trong mộ phần của Đông Du học sinh Trần Đông Phong ở nghĩa trang Zōshigaya mộ nằm ở dãy 1-4a-4-15（雑司ヶ谷 霊園)[6] thuộc tuyến Toden Arakawa (都電　荒川線), phường Toshima (豊島區 Toshima-ku, Phong Đảo khu). Hổ thẹn vì không vận động quyên góp đủ số tiền cho Phong trào, Trần Đông Phong đã tự sát năm 1908. Cảm kích trước nghĩa khí đó, chính hoàng thân Cường Để đã xây mộ phần cho anh và rồi mộ phần đó lại được dùng làm nơi an nghỉ cuối cùng cho lãnh tụ Việt Nam Phục quốc Đồng minh Hội.

Năm 1965, sau bao năm phải di chuyển qua nhiều nơi, một phần tro cốt của Cường Để được con cháu an táng tại ngọn đồi thuộc tổ 10, khu vực 5, phường An Tây, TP Huế.